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Die Mauereidechse erreicht eine Gesamtlänge von 25 Zentimetern. Sie ist schlank und wirkt im dorsalen Bereich aufgrund ihrer Körperlänge häufig relativ abgeflacht. Das Halsband ist gewöhnlich glattrandig, die Rückenschuppen sind leicht gekielt. Der Schwanz kann das Doppelte der Kopf-Rumpf-Länge erreichen. Die Rückenfärbung ist hell- bis mittelbraun oder grau, mitunter auch grünlich. Auffallend ist eine unregelmäßige schwärzliche Fleckung, die manchmal ein Netzmuster bildet. Die Unterseite ist sehr variabel gefärbt, von weißlich über gelblich bis rot und von ungefleckt bis stark gefleckt oder getüpfelt. Je nach Herkunft können die Tiere in Körperfärbung und Zeichnungsmuster stark variieren, dadurch sind die Tiere teilweise schwer bestimmbar. Insbesondere in Süd- und Südosteuropa existieren zahlreiche Unterarten.
Die Eidechsen, die in den Hohlräumen von Felsen und Mauern leben, nutzen diesen Unterschlupf sowohl zum Schutz gegen Kälte in der Nacht als auch zum Schutz gegen die extrem hohen Temperaturen während der Mittagshitze im Hochsommer. Generell günstig sind Felsen und Mauern mit gleichmäßig verteilten offenen Fugen und Spalten. Die Tiere bevorzugen einerseits vielfältig bewachsene Mauerflächen, die reichlich Insekten anlocken, andererseits unbewachsene Flächen, um sich dort zu sonnen. Ein geringer Mauerbewuchs kann durch angrenzenden naturnahen Bewuchs am Fuß der Mauer ausgeglichen werden. Ein Einfluss der Mauerhöhe auf die Besiedlung durch die Eidechsen ist nicht bekannt. Mauereidechsen, die an Burgruinen leben, nutzen im Prinzip die gesamte Mauerfläche. Das Gleiche gilt für die Besiedlung von Felswänden und Geröllflächen. Als typischer Kulturfolger ist die Mauereidechse auch in Weinbergen, an Bahn- und Straßenböschungen sowie an Gebäuden in Siedlungen und Städten anzutreffen. Gelegentlich tritt die Art auch an offenen, vertikalen Gesteinsflächen von Steinbrüchen auf.
Die Mauereidechse ist stets tagaktiv. Sie ist sehr flink und klettert sehr gut. Das Gelege wird unter Steinen oder in kleinen selbstgegrabenen Gängen abgelegt. Es umfasst zwei bis zehn Eier. Bei günstigen Lebens- und Umweltbedingungen sind zwei bis drei Jahresgelege möglich. Die Jungtiere schlüpfen nach etwa sechs Wochen von Ende Juni bis Anfang August.